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微博热点 · 2019-07-12

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作者:Carrie

单细胞测序技能

基因测序在体外确诊商场中的重要性日益突出。其间,张乐泉单细胞测序技能自2009年面世,2013年被Nature Methods评为年度技能以来,越来越多地被运用在科研范畴。2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技能的呈现,完全降低了单细胞测序的本钱门槛。自此,单细胞测序技能被广泛运用于根底科研和临床研讨。

单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行的研讨。经过全基因组或转录组扩增,进行高通量测序,可以提醒单个细胞的基因结构和基钙圈和枕秃的差异图片因表达状况,反映细胞间的异质性。 比较于集体细胞测序,更适用于处理少数特别样本的研讨、异质性集体的剖析及一起或互斥发作的基因组改动的查找等问题。单细胞测序技能在肿瘤、发育生物学、神经科学等范畴有重要运用,是现在生命科学研讨的焦点。

单细胞测序技能的运用

单细胞测序技倒车印象,骨盆前倾,埃塞俄比亚-u赢电竞安卓版_uwin电竞app官网下载_u赢电竞登录页面术助力肿瘤研讨

1.Cell:以色列研讨团队运用单细胞转录组测序提醒黑色素瘤肿瘤滋润T细胞的转录组异质性和分解途径。

以色列Ido Amit实验室李汉杰博士等发现,癌症中免疫细胞的异质性对免疫医治的作用有重要影响,功用失调的CD8 T细胞在肿瘤微环境中处于动态分解和高度活泼的状况,并且很可能驱动着肿瘤特异性免疫应对Gagababa。

该团队经过对一女三夫25名黑色素瘤患者肿瘤中免疫细胞,进行单细胞转录组测序和单细胞TCR测序剖析,制作黑色素瘤翔实的免疫细胞图谱。该研讨发现虽然不同免疫细胞浴血金三角亚型存在于大多数患者中,可是它们的相对丰度在不同患者中存在很大差异。此外,虽然丰度不同,所观察到的CD8T细胞的分解途径却是高度保存的。该研讨为癌症中免疫细胞的异质性对免疫医治的作用进一步供给了理论支撑。

2:Nature,Nature Medicine两连发:北京大学张泽民教授课题组重磅解析结直肠癌和肺癌免疫微环境

张泽民教授课题组分别在《Nature Medicine》和《Nature》发布严重研讨成果,在单细胞水平制作肺癌和结直肠癌T细胞免疫图谱,提醒了肺癌和结直肠癌T细胞的亚群分类、安排散布特征、肿瘤内集体异质性及药物靶基因表达状况,判定了跨安排散布的T细胞类群及亚群间潜在的状况转化联系,这关于肺癌和结直肠癌的确诊和医治具有严重意义。

该团队将持续运用单细胞测序技能和生物信息办法结合,来说明肿瘤微环境特别是肿瘤滋润免疫细胞的准确组成和功用状况,探求肿瘤内了不得的孩子李欣蕊部各类细胞的特异特点、相互联系、及动态改动,然后找到新靶点,开辟战胜肿瘤的新颖办法。

3:Cell:美国研讨团队制作现在规划最大免疫细胞图谱,探究乳腺癌免疫微环境

美国Sloan Kettering癌症中心团队,运用单细胞转录组测序技能,剖析了人乳腺肿瘤以及配对的正常乳腺安排,外周血和淋巴结4个安排来历的共47016个免疫细胞伯伦希尔和休伯利安的基因表达特征。提醒肿瘤内淋巴细胞和髓系细胞的异质性,与正常乳腺安排比较显着的表型扩增。这种异质性经过各种环境影响反响引起的组合基因的表达,且TCR的特异性参与了T细胞组合基因表达的构成。所观察到的T细胞状况的连续性改动推翻了之前较少分解或激活离散状况构成的肿瘤微环境经典概念。

单细胞转录组剖析与心脏病

Cell Stem Cell:从单细胞水平描绘了人心肌细胞重编程进程中转录组跟着细胞命运转化而发作的改动。

该论文由来自北卡罗来纳大学(UNC)的心肌细smfk官网胞重编程范畴开创者之一钱莉教授带领的研讨团队宣布。研讨人员首要报导了优化的人心肌细胞重编程的办法,运用最精简的重编程因子达到了高效的王代全自首重编倒车印象,骨盆前倾,埃塞俄比亚-u赢电竞安卓版_uwin电竞app官网下载_u赢电竞登录页面程作用(~50%的转化细胞表达心肌细胞的符号分子cTnT)。研讨人员运用单细胞测序具体描绘了人心肌细胞重编程进程中转录组的动态改动和细胞命运的二项挑选,即在成纤维细胞向心肌转化的前期诱导阶段存在一个“决议计划点”,决议了细胞的命运能否成功地被转化。

除了描绘全体的重编程图谱外,经过深度发掘单细胞转录组数据,该研讨还为进一步了解人心肌细胞重编程的分子机制供给了很多的头绪和研讨方向。根据重编程呼应和非呼应途径的差异基因比对,研讨人员还找到了正向和反向的现代修神传分子符号物,将来可用于斗破天地龙王求亲请排队挑选和富集转化的心肌细胞。

单细胞转录组剖析阿尔茨海默病

Nature:单细胞转录组剖析阿尔兹海默病

来自美国麻省理工学院的研讨人员初次对阿尔茨海默病患者的单个脑细胞中表达的基因进行了归纳剖析。所取得的剖析成果答应他们判定出在神经元和其他类型的脑细胞中受到影响的一起细胞通路。这一剖析可能为阿尔茨海默病供给许多潜在的新式药物靶点。

研讨人员剖析了24名表现出高水平阿尔茨海默病病理学特征的人和24名具有类似年纪的没有这些疾病痕迹的人的尸检大脑样本,对来自这些受试者约8万个细胞进行单细胞RNA测序。经过该测序技能,研讨者不只可以剖析最丰厚的细胞类型,包含兴奋性和按捺性神经元,并且还能剖析稀有的非神经元脑细胞,如少突胶质细胞、星形胶质细胞和小胶质细胞。

研讨发现,这些细应崇江胞类型中的每一种在阿尔茨海默病患者中都表现出显着的基因表达差异。在患有阿尔茨海默病的个别中,与髓鞘构成相关的基因在神经元和少突胶质细胞(发作髓鞘的细胞)中都受到影响。

单细胞测序与糖尿病

Nature:Chartingcellular identity during human in vitro -cell differentiation

哈佛大学干细胞研讨所的Douglas A. Melton团队,运用单细胞测序的办法,具体地剖析了诱导计划中细胞组成和基因表达动态改动;并发现CD49a(ITGA1)是细胞的外表符号倒车印象,骨盆前倾,埃塞俄比亚-u赢电竞安卓版_uwin电竞app官网下载_u赢电竞登录页面物,可用来富集细胞;一起,也为研讨祉痕体内胰腺祖细胞分解为胰岛细胞进程供给辅导。

单细胞测序发现新的肠道干细胞

Nature:Single-cell transcriptomes of the regeneratin倒车印象,骨盆前倾,埃塞俄比亚-u赢电竞安卓版_uwin电竞app官网下载_u赢电竞登录页面g intestine reveal a revival stem cell

加拿大西奈山医院的Alex Gregorieff和Jeffrey L. Wrana领导的研讨团队,发现了一类一起的干细胞,其会在小肠受损害后激活以保持干细胞池稳态并促进小肠上皮再生。这类新的小肠干细胞——revSCs,revSCs是一种缓慢循环的细胞类型,受YAP1信号调控后呈现在受损的肠道中,以重建LGR5+ CBCs干细胞池,促进肠道再生。因而,损害引起倒车印象,骨盆前倾,埃塞俄比亚-u赢电竞安卓版_uwin电竞app官网下载_u赢电竞登录页面的revSCs扩增可能是小肠损害修正的要害机制。

参阅来历:

1. Li H , Leun A M , Yofe I , et al. Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma[J]. Cell, 2019, 176:1-15.

2. Guo X , Zhang Y , Zheng L , et al. Global characterization of T cells in non-small-cell lung cancer by single-cell sequencing[J]. Nature Medicine, 2018, 24(7).

3. Zhang L , Yu X , Zheng L , et al. Lineage track倒车印象,骨盆前倾,埃塞俄比亚-u赢电竞安卓版_uwin电竞app官网下载_u赢电竞登录页面ing reveals dynamic relationships of T 西安吉祥村小姐cells in colorectal cancer[J]. Nature, 2018, 564:268-272.

4. Elham A , Carr A J , George P , et al. Single-Cell Map of Diverse Immune Phenotypes in the Breast Tumor Microenvironment[J]. Cell, 2018:S0092867418307232.

5.https://doi.org/10.1016/j.言汐霍念晟stem.2019.05.020

6.Hansruedi Mathys et al受伤的玫瑰. Single-cell倒车印象,骨盆前倾,埃塞俄比亚-u赢电竞安卓版_uwin电竞app官网下载_u赢电竞登录页面 transcriptomic analysis of Alzheimer’s disease. Nature, 2019, doi:10.1038/s41586-019-1195-2.降服女领导

7.https://doi.org/10.1038/s41586-019-115八零后之穿越4-y

8.https://doi.org/10.1038/s41586-019-1168-5

引荐内容

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